Il primo insediamento dei Cappuccini nella città di Brescia risale al 1540 circa. Al Padre Giovanni da Fano, dopo una predicazione nel Duomo di Bergamo, il vescovo chiese di aprire un convento alle porte di Brescia, vicino all’abbazia dei santi Gervasio e Protaso, di cui egli stesso era Abate.
Qui i primi Cappuccini costruirono un piccolo convento, detto della Badia, dove i frati si dedicarono alla predicazione, al lavoro, ma soprattutto all’assistenza degli appestati. In questo convento rimasero fino alla soppressione nel 1805. Si rifugiarono nel convento cittadino dei santi Pietro e Marcellino. Nel 1837 ritornarono alla Badia, ma dopo trent’anni furono cacciati. Rimasero nell’oratorio di santa Elisabetta, in città, fino al 1876. Terminata l’ostilità verso agli Ordini religiosi, i frati costruirono l’attuale convento di fronte al Cimitero monumentale Vantiniano, dove si dedicarono alla preghiera, al lavoro, alla predicazione e al servizio ai poveri. La chiesa fu consacrata nel 1883. Nel 1919 fu eretta la Parrocchia del Sacro Cuore di Gesù.